Zonasi

Dalam rangka mengintegrasikan ketiga fungsi tersebut, maka penerapannya diatur dengan sistem pembagian wilayah atau zonasi di wilayah cagar blosfer yaitu dibagi menjadi tiga zonasi berdasarkan fungsi dan perannya yaitu :

Area inti
Area inti (core area) : sebagai area untuk pelestarian dan harus mempunyai perlindungan hukum jangka panjang untuk melestarikan keanekaragaman hayati, memantau ekosistem yang tidak terganggu dan melakukan penelitian yang tidak merusak serta kegiatan-kegiatan lain yang sifatnya pasif seperti pendidikan dan pelatihan. Area ini dari 8 cagar biosfer di Indonesia adalah berupa taman nasional (7 CB) dan oleh karena itu kepemilikan lahannya berada di negara dan 1 CB yaitu Cagar Biosier ciam Siak-Kecil Bukit Batu, Riau berupa gabungan antara 2 Suaka Margasatwa dengan hutan produksi yang dikonservasi secara tetap. Hal ini menunjukkan bahwa area inti suatu cagar biosfer tidak harus berupa taman  nasional, tetapi area inti kawasan cagar biosfer dapat juga berupa kawasan milik pribadi, milik organisasi non pemerintah, tanah masyarakat, kawasan milik swasta atau dapat juga milik masyarakat adat yang diperuntukkan untuk kawasan konservasi. Pada prinsipnya area inti harus berupa kawasan konservasi atau kawasan lindung yang dilindungi secara formal oleh aturan pemerintah atau secara informal oleh masyarakat adat (lembaga adat).

Area inti Cagar biosfer Taka Bonerate merupakan kawasan Taman Nasional Taka Bonerate yang terdiri dari 18 pulau-pulau kecil, 6 bungin (hamparan pasir) dan 30 taka (paparan karang). Total luas kawasan Taman Nasional Taka Bonerate seluas 530.765 ha yang terdiri dari kawasan darat/ pulau 323 Ha dan laut (taka, laut dangkal dan laut dalam) 530.442 Ha. Area inti Cagar Biosfer Taka Bonerate-Kepulauan Selayar merupakan kawasan Taman Nasional Taka Bonerate yang dikelola dalam sistem zonasi sesuai dengan Keputusan Direktur Jenderal Perfindungan Hutan dan Konservasi Alam Nomor : SK.150|IV-SET/2012.

Jumlah penduduk di dalam area inti cagar biosfer Taka Bonerate Kepulauan Selayar sekitar 6.771 jiwa. Umumnya masyarakat dalam kawasan TN Taka Bonerate menggantungkan hidupnya pada aktivitas kenelayanan. Mata pencaharian masyarakat dalam kawasan adalah nelayan dan pedagang hasil laut atau pengumpul, pedagang kelontong, aparat pemerinkh desa, PNS guru, tenaga medis, polisi, tentara yang ditugaskan dalam kawasan TN Taka Bonerate Kegiatan perikanan oleh nelavan disini menunjukkan beberapa karakteristik sebagai berikut: (1) pendapatan harian dan musiman sangat bervariasi; (2) hasil tangkapan yang cepat rusak dan harus segera dijual; (3) membutuhkan modal kerja yang besar dan berisiko tinggi; (4) keuntungan yang diperoleh nelayan relatif kecil, dan (5) pengolahan tradisional hasil laut berkualitas rendah.

Hasil laut yang paling berharga untuk dipanen di area ini adalah kerapu hidup, lobster, teripang, dan cumi-cumi. Mata pencaharian utama masyarakat adalah nelayan. Kapal penangkap ikan yang biasa dipakai masyarakat nelayan antara lain joloro, bagan, kapal kulambi dan sampan. Nelayan menangkap ikan demersal dan ikan pelagis. Peralatan yang digunakan dalam perikanan demersal (ikan karang) antara lain pancing dan bubu. Sedangkan alat tangkap yang digunakan untuk menangkap ikan pelagis antara lain bagan, jaring insang, sambak/ kulambi/ pukat dan lain-lain.

Dalam rangka pemberdayaan masyarakat, pengelola area inti telah melakukan beberapa kegiatan peningkatan usaha ekonomi masyarakat pada berbagai bidang usaha melalui kelompok-kelompok masyarakat binaan di beberapa desa di area inti.

Area Penyangga
Zona penyangga (Buffer zone) yaitu wilayah yang mengelilingi atau berdampingan atau bersebelahan dengan area inti dan jelas fungsinya adalah untuk melindungi area inti dari dampak kegiatan manusia. Wilayah zona penyangga dapat berupa suatu kawasan milik masyarakat baik individu atau suatu lembaga, swasta dan lain-lainnya. Pengelolaan kawasan penyangga tetap berada pada pemiliknya dan cara-cara pengelolaanya harus mengikuti ketentuan-ketentuan yang ditetapkan oleh peraturan pemerintah. Sehingga kegiatan-kegiatan yang dapat dilakukan di zona ini adalah kegiatan yang secara ekologi dapat dipertanggungjawabkan seperti penelitian, pendidikan, pelatihan, ekoturisme dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan atau yang dapat diperbarui (renewable resources).

Zona penyangga Cagar Biosfer Taka Bonerate-Kepulauan Selayar seluas 702,260 ha yang terdiri dari kawasan darat 36,178 ha dan laut 666,083 ha. Masyarakat di zona penyangga kondisinya berbeda dengan masyarakat yang ada di area inti. Mata pencaharian masyarakat didaerah penyangga lebih beragam antara lain sebagai nelayan, petani, berkebun, peternak, pedagang, dan lain-lain.

Kegiatan yang telah dilakukan oleh Balai Taman Nasional Taka Bonerate di Zona Penyangga antara lain adalah pemberdayaan masyarakat dengan memberikan bantuan alat bantu penangkapan ikan, pembinaan siswa pecinta alam dan sosialisasi peraturan perundangan terkait perlindungan dan pelestarian kawasan Taman Naslonal Taka Bonerate.

Area Transisi
Area transisi adalah kawasan terluas yang merupakan kawasan untuk kerjasama dengan masyarakat lokal. Kawasan ini berdampingan dengan zona penyangga. Area transisi adalah milik masyarakat baik secara individual, organisasi, lembaga swasta atau badan hukum lainnya. Area ini merupakan tempak melaksanakan kegiatan pengembangan berbagai model pembangunan berkelanjutan, dimana berbagai pihak pemilik kawasan ini bersama-sama dengan pemangku kepentingan lainnya mengembangkan pengelolaan sumberdaya alam di kawasan tersebut.

Area transisi Cagar Biosfer Taka Bonerate-Kepulauan Selayar seluas 3,177,711 ha dengan luas daratan 79,146 ha dan luas laut 3,098,565 ha. Hampir sama dengan masyarakat yang tinggal di zona penyangga, mata pencaharian masyarakat di area ini sangat beragam. Kegiatan utama lain di area transisi adalah berkebun, nelayan, pedagang, pegawai pemerintah dan sektor swasta. Kegiatan pemberdayaan masyarakat di area transisi yang telah diberikan olehpemerintah daerah antara lain bantuan kapal perikanan, sampan, pembuatan pabrik es, dermaga, destilasi air tawar, pelatihan keterampilan bagi kelompokkelompok usaha produktif dan lain-lain.

Balai Taman Nasional Taka Bonerate di area transisi melakukan kegiatan pembinaan kelompok pecinta alam bagi siswa-siswi SMA di Kota Benteng. Selain itu dilakukan juga .kegiatan koordinasi dengan para pihak khususnya terkait dalam orcang perlindiungan/pengamanan kawasan taman nasional.

Kegiatan lainnya di area transisi yang telah dilakukan adalah membina masyarakat Dusun Tulang, Desa Barugaiya, Kecamatan Bontomanai untuk menjadikan kampungnya menjadi daerah wisata lingkungan. Sejarah terbentuknya Kampung Penyu adalah sejak tahun 1997 masyarakat Dusun Tulang sudah melakukan perburuan telur penyu. Sampai tahun 1999 perburuan terus meningkat, namun suatu waktu masyarakat Kampung Tulang barpikir agar telur penyu disisakan agar telur penyu ada yang menjadi tukik. Induk tidak diambil karena dianggap rezeki bagi masyarakat Tulang. Setelah bertelur dilepas kembali ke laut. Pada tanggal 22 Juni 2012 dikukuhkanlah lembaga Kerukunan Pemuda Pelindung Penyu atau disingkat Kampung Penyu. Kampung penyu dibina oleh perkumpulan penyelam Selayar SSD (Sileya Scuba Diver), Balai Taman Nasional Taka Bonerate dan Pemerintah Daerah Kabupaten Kepulauan Selayar.

Untuk mendukung pengembangan pariwisata dan pertumbuhan ekonomi pemerintah juga sudah membangun infrastruktur transportasi berupa jalan, terminal, pelabuhan/ dermaga kapal dan bandara udara. Sarana ini sangat penting karena merupakan akses masyarakat selayar dengan kabupaten lain disekitarnya mengingat Selayar merupakan daerah kepulauan.